Тракийски университет заема престижното 5-о място по рейтинговата класация на университетите в България. Състои се от Аграрен факултет с учебно-експериментална база, Ветеринарномедицински факултет с клиники, Медицински факултет с Университетска болница, Педагогически факултет, Стопански факултет, Факултет Техника и технологии-Ямбол, Медицински колеж-Стара Загора, Филиал – Хасково, Департамент за информация и повишаване квалификацията на учителите.
Университетът е член на Европейската асоциация на университетите (EUA) и Международната асоциация на университетите (IAU) и има сключени договори с чуждестранни университети от Германия, Чехия, Испания, Полша, Италия, Турция, Франция, Португалия др. Университетът участва и в национални и международни научни проекти.